Sambil mengajar sebagai dosen pada St. Anthony College.
Pakar demokrasi dan Islam ini juga pernah menjadi professor tamu pada Universitas Filipina dan Universitas Malaya, Malaysia, pada tahun 1997.
Prof. Azra juga merupakan anggota Selection Committee of Southeast Asian Regional Exchange Program (SEASREP).
BACA JUGA:PWI - Bupati Kaur Sepakati Gelar UKW Akhir Tahun 2022
BACA JUGA:Tegas!! PWI Tolak Wacana Wartawan Menerima Tunjangan dari Pemerintah
Diorganisir oleh Toyota Foundation dan Japan Center, Tokyo, Jepang antara tahun 1997 dan 1999.
Sejak Desember 2006, ia menjabat Direktur Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta.
Sebelumnya sejak tahun 1998 hingga akhir 2006 adalah Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Dosen Fakultas Adab dan Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1992 - sekarang).
BACA JUGA:HPN 2022, PWI Bengkulu Gelar UKW Gratis
BACA JUGA:Pererat Kekompakan dan HUT RI, PWI Kaur Gelar Aneka Lomba
Guru Besar Sejarah Fakultas Adab IAIN Jakarta, dan Pembantu Rektor I IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1998).
Prof. Azra merupakan orang Asia Tenggara pertama yang diangkat sebagai Professor Fellow di Universitas Melbourne, Australia (2004 - 2009).
Dan anggota Dewan Penyantun (Board of Trustees) International Islamic University Islamabad Pakistan (2004 - 2009).
Ia juga masih menjadi salah satu anggota Teman Serikat Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan