Wilayah kekuasaannya meliputi Jawa Tengah, Jawa Timur, sebagian Jawa Barat, Madura dan daerah Sukadana di Pulau Kalimantan.
Sultan hendak melanjutkan cita-cita eyangnya (panembahan Senopati) mempersatukan seluruh Pulau Jawa termasuk Banten dan Batavia.
Namun cita-cita ini selalu dihalang-halangi oleh VOC atau Kompeni Belanda.
Sultan merasa VOC sebagai duri dalam daging yang akan selalu mengancam, sehingga Batavia harus diserang lebih dahulu.
BACA JUGA:Kisah dr Cipto Mangunkusumo, Indische Partij, Tuduhan Pembunuhan Raja dan Telik Sandi
Serangan pertama dilakukan tahun 1628 namun belum berhasil menguasai Batavia.
Setahun kemudian, 1629 Sultan mengulangi serangannya terhadap Batavia dengan persiapan yang lebih matang.
Namun dengan kelicikannya VOC dapat menggagalkan lagi serangan itu.
Walaupun pada serangan kedua itu J.P. Coen terbunuh, entah karena sakit atau terbunuh oleh prajurit Mataram.
BACA JUGA:Kisah dr Cipto Mangunkusumo, Indische Partij, Tuduhan Pembunuhan Raja dan Telik Sandi
Setelah dua kali gagal sultan mencurahkan tenaga sepenuhnya untuk pembangunan Kerajaan Mataram.
Walaupun banyak mengalami peperangan, mataram pada masa pemerintahan Sultan Agung Hanyakrakusumo mengalami puncak kejayaan kebudayaan, kesenian dan kesusastraan maju dengan pesat.
Selama itu pula VOC atau kompeni Belanda tidak berhasil menjejakkan sepatu kekuasaannya di bumi Mataram.
Pada masa pemerintahannya, banyak unsur-unsur kebudayaan lama yang disesuaikan dengan agama Islam di antaranya perayaan ggrebeg disesuaikan dengan hari-hari raya Islam (Idul Fitri, Idul Adha, dan Maulid Nabi Muhammad S.A.w.).